조선 조정은 동학농민군이 전주성을 점령하자 김문현을 문책해 파면하고, 김학진을 전라감사로 임명하는 한편, 청나라에 원병을 청했다. 김학진은 청군 개입이 가져올 사태를 예견하고 청군이 개입할 명분을 없애기 위해서는 동학농민군의 요구를 수용하여 화약을 맺는 것이 최선이라고 판단했다. 김학진은 우선 전주성을 포위하고 공격하던 초토사 홍계훈에게 공격을 중지시키고, 동학농민군 지도부와 화약을 맺도록 명령했다.

한편 동학농민군 내부에서도 경군과의 전력차이로 인한 군사적 열세와 농번기를 맞아 흔들리는 농민군의 전열을 걱정하던 차에 청군의 개입소식을 접하고 깊은 시름에 빠졌다. 신분적 불평등과 차별, 탐관오리의 착취와 수탈에 대항해 기포한 동학농민군이지만 청군의 개입이 어떤 결과를 가져올 것이라는 사실을 모르지 않았고, 청군 개입을 막기 위한 묘수를 고민하지 않을 수 없었다.

동학농민군 지도부는 긴 논란 끝에 전봉준, 손화중 등의 의견이 채택돼 화약을 맺는 것으로 결정했다. 하지만 김개남은 ‘한번 흩어진 농민군을 다시 모으기는 어렵다’면서 화약에 반대해 휘하의 농민군을 이끌고 남원성으로 철수해 웅거했다. 전주화약은 전주성을 점령한지 열흘만인 1894년 5월8일에 체결됐다.

전주화약을 통해 동학농민군이 요구한 폐정개혁안은 대체로 ①가렴주구를 일삼는 탐관오리의 처벌과 제거 ②삼정의 개선과 부당한 세금 징수의 원천적 철폐 ③대원군의 국정 참여 ④외국상인의 불법 활동 금지 등으로 요약할 수 있다.

동학농민군이 요구한 폐정개혁안은 전라감사 김학진과의 협상을 통해 조정에 상주하기로 하고 농민군 철수에 따른 신변보장을 약속 받는 것으로 어렵게 몇 가지 합의가 이뤄졌다.

합의 내용은 “①농민군은 전주성을 다시 관군에게 비워준다. ②농민군은 해산해 본업으로 돌아간다. ③관군은 해산하는 농민군을 추격해 체포하지 않는다. ④전라도 각지에 집강소를 설치해 동학교도와 농민들을 행정에 참여시킨다”였다. 이로써 ‘전주화약’이 체결됐고, 사기가 오른 농민군은 풍악을 앞세워 위풍당당하게 전주성을 빠져 나올 수 있었다.

농민군 입장에서는 정부군과 화약을 맺고, 집강소 설치를 통해 폐정개혁을 위한 발판을 마련한 것이었다. 뿐만 아니라 전주성에서 철수함으로써 청군이 더 이상 조선 문제에 군사를 보낼 근거를 잘라 버렸다고 판단했다.